据台湾媒体报道，震灾中，台南市1一处肉鸡场发病病毒感染H5禽流感核酸病毒，台南市动保一处11日前往捕杀5847只红肉鸡；动保一处回应，6日强震蹂躏，畜产损失部分约新台币亿元以上。 据报导，台南市动保一处回应，这个红肉鸡场坐落于台南市安南区，春节前收到兽医师通报，出现异常丧生情形，马上展开移动管制并取样送验，10日发病为H5禽流感核酸病毒阳性，11日展开捕杀作业，已完成后，针对捉杀场展开全场喷雾消毒。 动保一处回应，这个鸡场周边1公里内有1场白肉鸡场，1~3公里内有7场养禽场，目前1~3公里内禽场已完成疫情调查，都没出现异常，动保处将持续展开取样监测、疫情义诊及调查工作。
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